De medezeggenschapsraad bestaat uit een aantal personeelsleden en ouders. Zij komen een aantal keren per jaar samen om te vergaderen. De medezeggenschapsraad praat met het schoolbestuur over onder meer de begroting, beleidsplannen en ontwikkelingen van de school. De leden hebben instemmingsrecht op onderwijskundige onderwerpen van een school.
Naast de medezeggenschapsraad bestaat er binnen Sophia Scholen een gemeenschappelijke medezeggenschapsraad, de GMR. Zij brengt advies uit over of stemt in met besluiten op bestuurlijk niveau.